Yumurta toplama işlemi lokal anestezi veya hafif genel anestezi altında yapılmaktadır.
Hasta jinekolojik masada yatırılır. Steril şartlar sağlandıktan altında ultrason probuna ince bir  kanalı olan parça (needle guide) takılır. Bu ince kanaldan geçirilen yumurta toplama iğnesi  ultrason ekranından takip edilerek yumurtalıklara girilir. Tek tek foliküllere girilerek  içerlerindeki sıvı boşaltılır. Tüplere toplanan sıvı, hemen yan tarafta yer alan laboratuara  ulaştırılır. Her bir folikül sıvısı içinde yumurta olup olmadığı embriyolog tarafından bildirilir.  Yumurta gelmediği takdirde özel sıvı verilerek folikül içine sıvı doldurulur ve tekrar boşaltılır.  "Flushing" veya "Folikül Yıkama" adı verilen bu işlem ile yumurta gelmeyen foliküllerden  yumurta alınmaya çalışılır. 10 mm üzerindeki tüm foliküller boşaltıldıktan sonra yumurta  toplama işlemine son verilir. Bu işlemin toplam süresi genellikle 30 dakikayı geçmemektedir.

Yumurta toplama işlemiyle elde edilen yumurtaların ayıklanması ve değerlendirilme işlemleri yapılmaktadır.